Il museo è ospitato negli edifici del Ministero della Marina, con accesso da Paseo del Prado 5. L’esposizione comprende, oltre a un gran numero di modelli di navi, plastici con ricostruzioni storiche, mappe e strumenti per la navigazione, alcuni notevoli cimeli, come la prima mappa del nuovo mondo tracciata da Juan de Costa nel 1500, alcuni cannoni della Invencible Armada che sfidò la potente marina inglese e ciò che rimane della bandiera di Cortés il conquistador del Messico.
